Program belajar malam adalah kegiatan yang dilaksanakan oleh santri pada malam hari setelah selesai melaksanakan shalat Isya. Setiap malam materi yang diberikan oleh
ustadz/ustadzahnya berbeda. Untuk santri SMP dan SMA jadwal belajar malamnya bergantian. Ketika santri SMP belajar malam di Masjid maka santri SMA mengulang pelajaran dan mengerjakan tugas yang diberikan oleh ustadz/ustadzah di sekolah.