Munaqasyah adalah program yang dilaksanakan setiap dua kali dalam satu semester. Setiap santri yang di Munaqasyah diadakan bimbingan terlebih dahulu oleh ustadz/ustadzah wali kamar dan guru tahfidz. Bagi santri yang direkomendasikan oleh pembimbing maka santri bisa lanjut munaqasyah sesuai dengan hafalan yang telah disetujui oleh pembimbing. Munaqasyah dilaksanakan sebelum ujian semester dijadwalkan. Munaqasyah pada semester 2 ini santri yang ikut sebanyak 30 orang untuk SMP dan untuk SMA sebanyak 36 orang. Munaqasyah SMP dan SMA dilaksanakan selama 2 hari. Pelaksanaan munaqasyah tersebut dibagi beberapa titik, kegiatan tersebut dimulai dari pukul 08.00 Wib sampai sore pukul 15.00 Wib. Setiap santri yang munaqasyah diuji oleh dua orang penguji dan setelah selesai munaqasyah santri akan mendapatkan sertifikat jika lulus dalam munaqasyah. Pada waktu tamat SMP dan SMA maka santri yang munaqasyah akan diwisudakan ketika perpisahan sekolah yang dihadiri oleh orang tua.
