Munaqasyah adalah program yang dilaksanakan setiap dua kali dalam satu semester. Setiap santri yang di Munaqasyah diadakan bimbingan terlebih dahulu oleh ustadz/ustadzah wali kamar dan guru tahfidz. Bagi santri yang direkomendasikan oleh pembimbing maka santri bisa lanjut munaqasyah sesuai dengan hafalan yang telah disetujui oleh pembimbing.
Munaqasyah dilaksanakan sebelum ujian semester dijadwalkan.